新しく買った計算機の設定

研究

マザーボードがP9X79 PROの計算機を新しく科研費で購入させていただいた。メモリ64GBで20万円台。

詰まった所を後の参考のために記しておく。
有線LANがOSに認識されないという問題が特に大変だった。P9X79 PROはIntel® 82579V, 1 x Gigabit LAN Controller(s)というEthernetを持っていて、これに対応するUbuntuは11.04以降とのことだった。それで、11.10をインストールしようとすると、よくわからないエラーでインストールできず途方にくれたところ。インテルが提供しているEthernetのドライバを発見ここここからドライバをダウンロードして来て、

tar zxf e1000e-x.x.x.tar.gz
cd e1000e-x.x.x/src/
sudo make install

とすれば、ドライバがインストールされる。さらに

modprobe e1000e

とすれば、新しいEthernetが認識される。また念のためMPIを使える様になる方法も記しておく。

まずは、

sudo apt-get install mpich2

などとして、MPIをインストール。さらにホームディレクトリに.mpd.confというファイルを用意。中身に

MPD_SECRETWORD=xxxxxx

と書く(xxxxxはなにか好きな言葉)。さらに.mpd.hostsというファイルを用意して、中身に

IP adress:CPUの数

を書けば良い。例えば

111.111.111.111:4

など。またcompiz-fusionもいれる。

sudo apt-get install emerald emerald-themes


とすればよい。

MacでJPEG、PNG、TIFFなどからEPSファイルを作る方法

学術論文投稿時は、画像ファイルはEPS形式にすることが求められる。ImageMagickを使って。

convert hogehoge.jpg hogehoge.eps

とするだけで、EPSファイルに変換できるのだが、こうすると数十MBの大きなファイルになってしまう。
また、Illustratorで開いて、EPSで保存という方法は数MBになりまだましだが、もう少し小さくしたい。
今のところの解決策は以下の方法。

1. PDFに変換(ここまでは簡単なのでどういう方法をとってもいつも軽いファイルになる)
例えば、まずMacのプレビューで画像ファイルを開く。
[ファイル]→[書き出す]のところでPDFで出力を選ぶ。

2. PDFからEPSに変換　hugo's blog, : MacでPDFをEPSにする方法（無料） - livedoor Blog（ブログ）
xpdf-toolsというソフトをhttp://users.phg-online.de/tk/MOSXS/xpdf-tools-3.dmgダウンロード。
ターミナルにて、

pdftops -eps hogehoge.pdf hogehoge.eps

とすればなかなか小さいEPSファイルができる。

ヘールニコルソンの法則について

現在の太陽の表面に出ている黒点がかなりおかしいので、それを説明するために久しぶりにブログを書きます。まず、経験的な法則「ヘール・ニコルソンの法則」を説明し、現在の状況がどのようにそこから外れいるのか説明します。太陽の黒点数は11年の周期を持って変動していて、数ある法則のなかで黒点の極性に関するものが「ヘール・ニコルソンの法則」です。

まとめると、以下のようなことが成り立っているという法則です。
1. 黒点はいつも、2つ1組で現れるが、その極性はいつも反対
(西側にあるものを先行黒点、東側にあるものを後行黒点と言う 注：太陽の東西は地球とは逆です。)
2. ひとつの11年周期の間には、先行黒点・後行黒点の極性はそれぞれ保たれる。
3. 南北半球で黒点の対の極性は逆になる。
4. 11年毎に極性は反転する。

文にするとなに言ってるかわからないですが、図にすると以下のような感じです。
(図は僕のスライドからなので、勝手に使ってかまいません)

だいたいの黒点はこの法則に従っています。例えば、2011年8月の太陽の磁場の様子を見ると下の様になっています。(SDO/HMI: NASA提供)

北半球は、先行黒点がいつも黒くなっていて、南半球は先行黒点がいつも白くなっています。この法則は太陽の活動周期においては非常に重要で、この法則がやぶれれば11年の活動周期になんらかの影響がでます。

次に、現在の太陽の磁場の様子です。(SDO/HMI: NASA提供)

赤くかこった部分では、先行黒点が白くなっており、「ヘール・ニコルソンの法則」から外れていることがわかります。ちなみにこの黒点はすでにXクラスフレア(最大級のフレア)二発とMクラスフレア(二番目のクラス)をたくさん生み出しています。

これだけ大きな黒点が「ヘール・ニコルソンの法則」からずれていると、今後の大局的磁場に影響があるかもしれません。楽しみですね。

2011年を振り返る

研究 一般

iCalを見ながら今年の振り返りをします。

1月
2010年から続く修論に忙しくする。
CfCAユーザーズミーティング参加。
修論提出。

2月
法政大学に行って、AMRについて教わる。
2月はいつも割りと暇

3月
3月11日千葉大で科研費の相談中に大地震が起こる。大したことないと思ってたら実は大変なことになっていた。その日は千葉大に止まった。
次の日に、指導教員と一緒に買える。乱流研究会・天文学会が中止となる。
月の後半からはインドの会議に参加。成田空港は日本から脱出する人でごった返しになっていた。
インドではそれなりに楽しくすごし、賞ももらう。
帰りの飛行機はものすごく空いていて、地震の影響も感じる。
インドに行っていて、修士の卒業式にはでれなかった。
月の最後にはひので衛星の運用訓練を受ける。

4月
博士課程に進学。
核融合研に太陽の角運動量輸送の話をしにいって、若干へこむ。

5月
佐古くんセミナーを横山研でやってもらう。
高校の時の同窓会あり。なんとなく高校の時のことを思い出す。
日本地球惑星科学連合大会2011に参加。平均場の角運動量輸送の話をする。

6月
日震学の勉強が始まる。
初めてのひので運用参加。ちょっとおもしろいと思う。
26歳になる。

7月
オーストラリアの学会に参加する。初めての国際学会招待講演
二度目の日震学勉強会。ここらへんでtime-distance法をまなぶ

8月
天文・天体夏の学校に参加。後輩がやややらかす。
このころはよく御殿下に通う。
9月末からのアメリカ滞在が決定。住まい決めなどが難航して、もうちょっと早く決めればよかったと思った。

9月
Faint young sun研究会参加。なかなか熱かった。
流体力学会参加。首都大学東京でむらむらさんと会う。
二度目のひので運用参加。六本木ヒルズの屋上で月を見る
星野研セミナーに初めて参加。
天文学会参加。鹿児島へ。飯がうまかった。
月の最後からアメリカ滞在。ボルダーへ帰る。

10月
全部アメリカ。最高の毎日を送る。
HAO discussion, コロラド大学セミナーなどをおこなう。

11月
日本に帰ってくる。そうそうにひので運用三度目。
レンペルの講義が続く。
レンペル、クザニャンが東大でセミナー。

12月
N体可視化の学校参加。
オープンキャンパス参加。
太陽恒星研究会参加。

大学院生としては平均的な一年をみなさまのおかげで送れたと思います。来年もどうぞよろしくお願いします。

SSWidlのインストール

研究

IDLはインストールされているとして、SSWidlを手元の計算機(Mac OS X)にインストールする方法を記しておく。
まず、SolarSoft Installationにいき、上の方にあるSSW INSTALLATION FORMというのを押す。

この部分はそのままにして、アップグレードしたい時はInstallation typeをupgrade existingに変える。

この部分はインストールするパスの設定だが、上の様に変えた。恐らくアンインストールしたい時は上のやつを全部消せば大丈夫。
そして、したからインストールしたいものをてきとうに選んで(日本人なので日本の衛星は全部選ぶべき) generate installation scriptを押す。
すると、ダウンロードする容量を見積もってくれて、いいと思ったらYour installation scriptをクリック。

するとシェルスクリプトがダウンロードされるので、ターミナルでダウンロードされたディレクトリに行って

sudo csh -f ssw_install110910_093107.csh

とする(数字の部分は変わりうる)
しばらく待てばインストールされている。

これでひとまずおしまいなのだけど、ここから使える様にするためにもう一仕事あった。
まず、/usr/local/sswの下で

sudo mkdir bin
cd bin

として、emacs などでSSWidlというファイルを作り、中身を


#!/bin/tcsh

if (! $?SSW) setenv SSW /usr/local/ssw

source ${SSW}/gen/setup/setup.ssw
alias sswidl $SSW/site/setup/ssw_idl

#if (! $?SSW_AIA) setenv SSW_AIA /soda/ssw/sdo/aia

#if ( -f ${SSW_AIA}/setup/setup.aia_env ) \
# source ${SSW_AIA}/setup/setup.aia_env




sswidl $argv[*]

と描く。次に

sudo ln -s /usr/local/ssw/gen/setup/ssw_idl /usr/local/ssw/site/setup/ssw_idl

とする。あとは.bashrcなどに

alias SSWidl='SSWidl nox'
export SSW_INSTR="sxt hxt eit mdi hessi xray spex trace goes sot xrt eis aia"
export IDL_DIR=/usr/local/itt/idl

などと書いておけばよい

Mac OS X LionへのMPICH2インストール

研究

手元でMPI並列コードの開発できると便利だなと思い、手元のMacbook Pro(2011年5月購入:Lionへアップデート済み)へとMPICH2をインストールすることにした。

まずはhttp://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/downloads/tarballsよりダウンロード。
なぜか最新版はうまくいかなかったので、mpich2-1.3.tarをダウンロード。

tar -xzvf mpich2-1.3.tar.gz

として、解凍したら(ダブルクリックでもいいはず)

cd mpich2-1.3.tar

で該当ディレクトリへ行き

./configure -prefix=/opt/local/mpich2 --enable-fc FFLAGS='-m64' CFLAGS='-m64' --with-pm=mpd

とする。-prefixはインストールするディレクトリを表しているので好きなところにしていい。一番最後の--with-pm=mpdを書かないとなぜかmpdがインストールされない。うまくいかないときは

sudo mv /usr/bin/gcc /usr/bin/gcc_

とするとうまくいくことがある。

つぎに
make
sudo make install

とすれば、インストール完了。
その後、ホームディレクトリに.mpd.confというファイルを作って中身を

secretword=[なにか好きなパスワード]

とする。そして

chmod 600 .mpd.conf

としたあとに、

mpd &
mpdtrace
mpdallexit

としてみる。mpdtraceの後にホスト名が出たら成功。mpd failed: gethostbyname_ex failedとか出て来たら
hostnameとしてホスト名を確認して/etc/hostsを修正すれば良い。自分の場合は

127.0.0.1 local host

と書いてある行に

127.0.0.1 local host　[ホスト名]

とすればうまくいった。おしまい

乱数発生プログラム fortran

研究

めちゃくちゃ簡単だけど乱数発生プログラムをfortranで書いた。いわゆる性質の悪いやつ。
シミュレーションの初期条件くらいだったらこのくらいでいいと思われる。いままでrand()使ってたけど、なんとなく
使った式は、
A=1103515245
B=12345
M=2147483647
として、以下の漸化式を解くということ、

X_(n+1)=(A*X_n+B)mod M

program test
implicit real(8) (a-h, o-z)
integer(4), parameter :: ix = 100
integer(4), dimension(ix) :: ii,jj

ic=1103515245
jc=12345
mc=2147483647

ii(1) = 1
jj(1) = 2

do i = 1,ix-1
ii(i+1) = mod*1/dble(mc),dble(jj(i+1))/dble(mc)
enddo

end program test

ii,jjは違う種で始めたということです。

*1:ic*ii(i)+jc),mc) jj(i+1) = mod((ic*jj(i)+jc),mc) write(*,*) dble(ii(i+1